Lõviosa sellest katab Eesti kultuuriloo püsinäitus „Kohtumised“, mis hõlmab ajateljel tänapäevast jääaja lõpuni kulgevat Ajarada ning 11 teemanäitust, mille hulgas ka omanäoline rahva osalusel valminud näitus ning avatud fond, kus eksponeeritakse järjest muuseumi tähtsamaid kollektsioone tervikuna.

Soome-ugri püsinäitus „Uurali kaja“ tutvustab soomeugri rahvaid kultuuriliste soorollide taustal. Soome-ugri naiste ja meeste maailma näidatakse läbi koduste tegemiste, elatusalade ja maailmapildi. Näitus vastab ka küsimustele soome-ugri keelte ja geenide, asuala ja rahvaarvu kohta. Kultuuritundliku esteetikaga ruumidisain rõhutab soome-ugri etnograafilist maagiat.

Vahetuvate näituste saalis (900 ruutmeetrit) toimus 2017. aasta juunis ajaloo suurim rahvarõivanäitus, praegu on seal muinasjutunäitus "Elas kord", mis viib rännakule allmaailma ja imemetsa. 

Osalussaalis „Tee ise näitus“ (püsinäitusel "Kohtumised") saavad oma näituse kokku panna ja seda eksponeerida inimesed, kodanikuühendused ja organisatsioonid, kes igapäevaselt muuseumitöö või näituste kureerimisega ei tegele. Praegu on osalussaalis Tartu maratoni juubelinäitus, oma järge ootavad Muhu sukad. 

Väiksemaid näitusi leiab Raadi mõisasüdame alalt ja loomulikult Heimtali muuseumist Viljandimaal.