Viron kansallismuseo perustettiin Tarttoon 1909, kansan aloitteesta ja avustuksella. Museon tehtävänä oli suojella ja kehittää Viron historiaa ja kulttuuria. Kuten monissa Euroopan maissa, ensisijainen tarkoitus oli suojella ja dokumentoida häviävää talonpoikaiskulttuuria.Nähtiin myös, että oli välttämätöntä kerätä ja säilyttää esineitä, jotka edistivät kulttuurisen kehityksen ymmärtämistä. Kerättiin myös arkeologisia löydöksiä, vanhoja kolikoita, kirjoja, käsikirjoituksia ja historiallisia muistiinpanoja.

Myöhemmin perustettiin useita muita museoita, arkistoja ja kirjastoja ja Viron kansallismuseo keskittyi lähinnä kansankulttuuriin. Toiseen maailmasotaan asti museoon kertyi monenlaista materiaalia Viron historiaan liittyen. Museo oli tunnustettu laitos ja se vahvisti 1930-luvulla sen asemaa sekä loi suhteita muihin maihin (Suomi, Ruotsi, Ranska, Saksa). Museo järjesti tieteellistä yhteistyötä kirjallisuuden parissa, osallistui tutkimuksiin ja tutkimusmatkoille sekä konferensseihin. Museo järjesti myös näyttelyitä muualla maailmassa, Viron ulkopuolella.

Nyt kansallismuseo säilyttää edelleen jatkuvuuden ja perinteen ja on kultturellin vuoropuhelun alkuunpanija ja kehittäjä yhdistäen menneisyyden ja tulevaisuuden. Viron kansallismuseon rooli kansankulttuurin tutkimuksen keskuksena on tärkeä ja sen tehtävänä on kirjata, tutkia ja tulkita kulttuuria ja elämäntapoja ottaen huomioon aikakauden, sosiaalisen monimuotoisuuden ja alueelliset erot. Museo on nykyaikainen kulttuurikeskus, jonka tehtävänä on esitellä virolaisen kulttuurin ainutlaatuisuus ja historiallinen voima ja merkitys virolaisille ja ulkomaisille kävijöille. 

Tutkimuksen ja esineiden keräilyn pääpaino on Viron jokapäiväisessä elämässä ja sen vaikutuksissa, 1900-luvun jälkipuoliskolla. Lisäksi tutkitaan audiovisuaalista materiaalia sekä vanhoja arkistoja ja materiaaleja suomalais-ugrilaiseen kulttuuriin liittyen.